Il Presbiterio

Attraverso il grande arco trionfale si entra nel vero e proprio presbiterio che si presenta, nella prima parte, con la veste architettonica ideata dall'architetto Clemente Orlandi in occasione dei primi arrivi delle grandi composizioni pittoriche provenienti dalla Basilica Vaticana. Il coro è invece opera del Vanvitelli che curò anche la decorazione dell'insieme presbiteriale. 

Il grande architetto diede forme poligonali all'abside nel cui centro addossò il nuovo altare maggiore, simile a quello da lui creato nella chiesa della Reggia di Caserta, impreziosito da una ricca scelta di marmi pregiati. Il crescendo decorativo verso il dipinto con la "Madonna degli Angeli" fu interrotto nel 1867 quando l'altare venne collocato nell'attuale posizione per far posto al coro protetto dalle transenne metalliche ornate con la sigla e le stelle certosine dorate ed i cancelli a forma d'arpa, opera di Angelo Santini. Gli ornati della cancellata sono stati disegnati da Giuseppe della Riccia.

Prima dell'altare sono poste due opere del 1866 dello scultore Innocenzo Orlandi: "L'angelo con l'aquila" e la "Cattedra" sostenuta da un toro ed un leone; simboleggiano la presenza evangelica della liturgia eucaristica. Troviamo, infatti, i quattro simboli degli evangelisti: l'angelo per San Matteo, l'aquila per San Giovanni, il toro per San Luca e il leone per San Marco.

Alle pareti, sempre sulla destra, troviamo: Presentazione di Maria al tempio, di Giovanni Francesco Romanelli; Martirio di San Sebastiano, del Domenichino.